La segunda fermentación se realiza una vez finalizada la primera fermentación, es decir, cuando la válvula no produce apenas burbujas y además la lectura del densímetro no cambia en 24 horas, más o menos trascurridos 4-8 días de la primaria, según la temperatura a la que ha estado la primera fermentación.
La fermentación secundaria es muy conveniente para clarificar la cerveza, se queda más limpia, además de asegurar que la fermentación ha alcanzado realmente su final. Con esto se consigue que los sedimentos se depositen en el fondo.
Si el cubo de fermentación primaria se tiene que mover para trasvasar al segundo cubo se debe hacer unas horas antes, para que se deposite el sedimento otra vez.
La forma de trasvasar de un fermentador a otro es intentado que no se oxigene la cerveza, mediante un tubo de silicona (sifonando) bien pegado en el fondo. Se intentará que el recipiente sea un cubitaner o bag-in-box (pero pueden ser otros recipiente según el tamaño del lote), que tienen las paredes flexibles y permiten eliminar el aire sobrante. Por este motivo se mete en una caja de cartón para poder manipularlo. Más adelante al hacer más litro utilizamos los cubos con tapa de 30 litros que daban en el kit.
Al cubitainer se le pone el tapón con el airlock adaptado. Todo desinfectado. Lo del airlock a veces no es necesario, simplemente abriendo el tapón si se hincha mucho la bolsa ya que en la segunda fermentación se producen pocos gases.
La temperatura ambiente que se aconseja para el segundo fermentador debe ser inferior a la de la primera fermentación, entre 10-16ºC (entre 5 y 10 ºC menos de la primera fermentación). La duración es muy elástica entre 7-20 días.
En esta fase es cuando se puede hacer dry-hopping, añadir adjuntos o aclarar con productos como isinglass o gelatina.
Una vez depositados los sedimentos en el fondo se continua con el embotellado de nuestra cerveza añadiendo la solución de azúcar en la proporción que queramos.